Según SEO/Birdlife, el águila imperial es, junto al lince ibérico, la especie animal más amenazada de España y una de las siete rapaces más en peligro de todo el planeta.

El censode 1999 indica que apenas sobreviven 130 parejas en el mundo, todas ellas localizadas en España, aunque la población está en declive, ya que desde 1994 disminuye el número de ejemplares.

Las comunidades autónomas españolas que aún disfrutan de la presencia del águila imperial son Extremadura, Castilla-La Mancha, Andalucía, Madrid y Castilla y León.

En la actualidad, el veneno es la principal causa de muerte de ejemplares de esta especie, asegura SEO/Birdlife basándose en datos del Consejo Superio de Investigaciones Científicas (CSIC). Desde el año 1990 hasta la fecha se han recogido 69 águilas imperiales muertas por envenenamiento, la última de ellas hace poco más de diez días.

También en el Parque Nacional de Doñana la población de águila imperial está en declive. Según los responsables de la Estación Biológica, de no tomar medidas urgentes la especie desaparecerá en los próximos diez años.